1599 baut Orgelbauer Hans Schwarzenbach aus Füssen in der Pfarrkirche St. Pauls eine neue Schwalbennest-Orgel um den Preis von 600 fl. 1609 wird die Orgel auf die neu errichtete Westempore versetzt; es folgen Reparaturen von Lucio Valvassori (1618); Daniel Herz (1670) und Sebastian Achamer (1674).

1688/89 baut Eugenio Casparini aus Schlesien in St. Pauls eine neue Orgel mit 38 Registern; die Schwarzenbach-Orgel nimmt er in Zahlung und verkauft sie um 350 Gulden nach Auer weiter, wo sie in der Friedhofkiche St. Peter (auf der Westempore) 1690 ihren endgültigen Platz findet. Im 18./19. Jh. erfolgen Reparaturen durch die Orgelbauer Franz (I) Fuchs (ca.1780), Andreas Mau- racher, Joseph Mitterer (1806), Karl Mauracher (1820, 1824), Giovanni Pansieri (1837) und Josef Sies (1870). Deutliche Spuren haben dabei Andreas Mauracher und Josef Sies hinterlassen. 1982-86 wird das Instrument von der Orgelbaufirma Reinisch-Pirchner in Steinach-Tirol auf ihre ursprüngliche Disposition zurückrestauriert. Für die Rekonstruktion des Regal 8‘ werden die Men- surenwerte des Ebert-Orgelregals (Innsbruck) verwendet.

Die Stellung der Spielanlage – ursprünglich an der Hinterseite des Prospektes – bleibt dabei vorne.